El proceso operativo del régimen de maquila, desde su inscripción hasta la operativa final que es la emisión del informe de cuenta corriente, es totalmente electrónico y se gestiona desde el sistema integrado de maquila de exportación (SIMEX).

Existen las siguientes modalidades y tipo de operación de programa de maquila:

• Maquila Pura: solo para exportación
• Maquila por capacidad ociosa: para exportación y venta en el mercado local. Para las ventas locales se deberán abonar todos los tributos locales.
• Maquila albergue o shelter: no realiza proceso productivo pero sí una intermediación para la exportación.

Antes de la presentación de la solicitud de aprobación del programa de maquila, el solicitante deberá inscribirse como empresa maquiladora, a través de la Ventanilla Única del Exportador (http://www.vue.org.py). La Secretaría Ejecutiva del CNIME otorgará la correspondiente Constancia de Inscripción, la cual tendría una validez de 90 días para presentar el Programa de Maquila.